يهدف الديوان الى ضمان سلامة العمل والاستقرار المالي والإداري في دولة فلسطين بسلطاتها الثلاث التنفيذية والتشريعية والقضائية وكشف أوجه كافة أشكال الانحراف المالي والإداري بما فيها حالات استغلال الوظيفة العامة ويهدف أيضا الى التأكد من أن الأداء العام في فلسطين يتفق مع أحكام القوانين والأنظمة واللوائح والقرارات والتعليمات النافذة وفي حدودها وانه يمارس باقتصاد وكفاءة وفاعلية.